Postoje tri metode programiranja CNC alatnih mašina: ručno programiranje, automatsko programiranje i CAD/CAM obradni centar.
Programiranje ručno
Ručna analiza crteža dijelova, obrada procesa, numerički proračun, pisanje liste programa i programski unos i inspekcija se završavaju ručno. Pogodan je za mašinsku obradu u tačkama ili delove manje složene geometrije, ali je veoma dugotrajan i podložan greškama pri sastavljanju složenih delova.
Automatsko programiranje
Proces upotrebe računara ili mašine za programiranje za završetak pripreme programa delova je veoma zgodan za složene delove.
CAD/CAM
CAD/CAM softver se koristi za realizaciju automatskog programiranja modeliranja i slika. Najtipičniji softver je Master CAM, koji može završiti programiranje glodanja 2, 3, 4 i 5, struganja, žičane EDM, iako ova vrsta softvera ima jednu funkciju, laka je za učenje i jeftina.